A Ultra Skymarathon® Madeira decorre em áreas de notável património cultural e natural do Concelho de Santana que viu reconhecido mundialmente a riqueza do seu património em 2011 aquando da sua classificação pela UNESCO como Reserva da Biosfera.

Cerca de 80% da Ultra SkyMarathon® Madeira desenrola-se em área de Floresta Laurissilva, classificada em 1992 de Reserva Biogenética pelo Conselho da Europa, e incluída, em 1999, na lista do Património Natural Mundial da UNESCO, sendo o único Património Natural Mundial de Portugal. Este tipo de floresta natural indígena foi ainda classificado como Zona Especial de Conservação (ZEC) e Zona de Proteção Especial (ZPE) da Rede Natura 2000, uma rede ecológica que tem por objetivo contribuir para assegurar a biodiversidade através da conservação dos habitats naturais e da fauna e da flora selvagens no território da União Europeia.

Parte da prova desenrola-se ainda noutra área protegida, o Maciço Montanhoso Central, totalmente integrada no Parque Natural da Madeira, como Reserva Geológica e de Vegetação de Altitude, e que também se encontra classificada como Zona Especial de Conservação (ZEC) e Zona de Proteção Especial (ZPE) da Rede Natura 2000.

De salientar ainda que toda a prova decorre dentro da área de Parque Natural da Madeira