La Ultra Skymarathon® Madeira se desarrolla en áreas de notable patrimonio cultural y natural del Concejo de Santana el cual vio reconocido mundialmente la riqueza de su patrimonio en 2011 cuando fue clasificado por la UNESCO como Reserva de la Biosfera.

Cerca del 80% de la Ultra Skymarathon® Madeira se desenvuelve en áreas de Bosque Laurissilva clasificada en 1992 como Reserva Biogenética por el Consejo de Europa y está incluido en 1999 en la lista de Patrimonio Natural Mundial de la UNESCO, el único Patrimonio Natural Mundial de Portugal. Este tipo de bosque natural indígena también fue clasificado como Zona Especial de Conservación (ZEC) y Zona de Protección Especial (ZPE) de la Red Natura 2000, una red ecológica que tiene como objetivo contribuir para asegurar la biodiversidad a través de la conservación de los hábitats naturales y de la fauna y flora salvajes en el territorio de la Unión Europea.

Parte de la prueba se desarrolla en otra área protegida, el Macizo Montañoso Central, totalmente integrada en el Parque Natural de Madeira como Reserva Geológica y de Vegetación de Altitud, y que también se encuentra clasificada como Zona Especial de Conservación (ZEC) y Zona de Protección Especial (ZPE) de la Red Natura 2000.

Cabe señalar que toda la prueba transcurre dentro del área de Parque Natural de Madeira.